בית המשפט המחוזי בירושלים, בשבתו כבית משפט לעניינים מנהליים דחה את העתירה נגד רשמת העמותות, שיוצגה באמצעות פרקליטות מחוז ירושלים (אזרחי). לפיכך, אישור הניהול התקין לעמותת "מרכז החינוך העצמאי" לשנת 2025 נותר בתוקפו.
בעתירה שהוגשה נטען כי העמותה מצויה בגירעון כספי משמעותי וכי קיימים ליקויים בהתנהלותה, המצדיקים פתיחת בדיקה וחקירה על-ידי רשמת העמותות טרם מתן האישור. העותרים הפנו, בין היתר, למכתב של החשב הכללי מתחילת שנת 2024, שבו ציין ליקויים במערך הכספים של העמותה והפיקוח עליה.
בית המשפט קיבל את עמדת רשמת העמותות שיוצגה באמצעות עו"ד מני מנחם מפרקליטות מחוז ירושלים (אזרחי) וקבע כי אין עילה להתערבות בשיקול דעתה של הרשמת. בפסק הדין צוין כי החשב הכללי, אשר הצביע בעבר על ליקויים, עדכן את הרשמת בספטמבר 2024 כי אין בידיו מידע קונקרטי שיש בו כדי למנוע את מתן האישור וכי הוא פועל לקידום מתווים של פיקוח ובקרה ושינוי שיטת התקצוב של העמותה.
בית המשפט העניק משקל רב לעמדה זו, והדגיש כי הרשמת רשאית להסתמך על גורמי המקצוע האמונים על ביקורת תקציבית ופיקוח. עוד נקבע כי לעמדת הגורמים המקצועיים העמותה אינה מצויה בגירעון כספי משמעותי וכי ממילא עצם קיומו של גרעון כספי אינו מחייב, כשלעצמו, מניעת אישור ניהול תקין.
בהתאם לפסק הדין בהחלטתה על הרשמת להביא בחשבון שיקולים ציבוריים רחבים, ובהם חשיבות פעילותה של העמותה, המפעילה מאות מוסדות חינוך שבהם לומדים כ־130,000 תלמידים ומועסקים כ־10,000 עובדים. בסיכום פסק הדין צוין: "משהחלטה זו נמצאת בליבת שיקול הדעת המקצועי של הרשמת ונסמכת על תשתית ראויה ועל בחינה של מכלול השיקולים הנדרשים לעניין, אין למצוא בה פגם ואין עילה להתערבות שיפוטית בה." העתירה נדחתה, והעותרים חויבו בהוצאות משפט בסך 7,000 ₪ למדינה ובסך 7,000 נוספים לעמותה.
מהפרקליטות נמסר: "פסק הדין מאשר את תקינות פעולתה המנהלית של רשמת העמותות ואת שיקול דעתה בתהליכי הבקרה על גופים הנתמכים מתקציב המדינה. בית המשפט קבע כי ההחלטה להעניק אישור ניהול תקין לעמותת 'מרכז החינוך העצמאי' התקבלה כדין, לאחר בחינת הנתונים הרלוונטיים והתייעצות עם הגורמים המקצועיים המוסמכים".
