שריפת בית הכנסת של מרן הרשל"צ הגר"י יוסף שליט"א, הביא את הרבנים הראשיים להגיב בחריפות על האירוע. מרן הראשון לציון, הרב הראשי לישראל, הגאון הגדול רבי דוד יוסף שליט״א גינה בפתיחת ימי העיון לדיינים את חילול ושריפת בית הכנסת: "שמעתי בזעזוע גדול מה שקרה הלילה ששרפו בית כנסת, ושרפו ספרי קודש ובניהם את ספריו של אבי מורי זצוק"ל. אני קורא למשטרה לעשות כל מה שאפשר לתפוס את הפורעים, ולמצות עימם את הדין, ולשמור על בתי הכנסת שלנו שיישארו בקדושתם. ושנזכה בקרוב לגאולה שלמה אמן כן יהי רצון".
גם הרב הראשי לישראל הגאון רבי קלמן מאיר בר גינה בחריפות ואמר: "המראות שראינו הבוקר בבית מדרשו של מרן הראשון לציון הגאון רבי יצחק יוסף שליט"א מזעזעים כל לב יהודי. ההצתה האנטישמית, צלב הקרס, ההשחתה, כל אלה מזכירים ימים אפלים בהיסטוריה היהודית. אנו מוקיעים את המעשה הנפשע וקוראים למשטרת ישראל לעשות את עבודתה נאמנה, לתפוס את האחראים לכך ולמצות עמם את הדין בחומרה".
